真嗣出院后的第三天，NERV总部召开了特别会议。当他走进会议室时，发现除了常规作战人员外，还有一群陌生的西装男子——SEELE的代表。
"第九次使徒袭击分析报告。"碇源堂的声音冷静如常，"初号机暴走事件证明，驾驶员与EVA的深度同步可以突破理论极限。"
屏幕上播放着初号机撕碎使徒的画面。真嗣不安地扭动身体，那段记忆仍然模糊不清，只记得母亲温暖而悲伤的幻影。
"同步率超过400%的瞬间，我们检测到了类似'神迹'的能量波动。"律子博士推了眼镜，"这验证了人类补完计划的理论基础。"
SEELE的首领——一个被称为"基尔议长"的老人出现在主屏幕上："计划必须加速。根据预言，最后使徒即将觉醒。在那之前，我们必须准备好仪式。"
真嗣听不懂这些术语，但"人类补完计划"这个词让他想起暴走时看到的记忆碎片。他偷偷观察父亲的反应，碇源堂的独眼在阴影中闪烁着诡异的光。
会议结束后，真嗣鼓起勇气跟随父亲进入私人电梯。碇源堂似乎并不意外，只是冷冷地问："有事？"
"那个...人类补完计划是什么？"真嗣直接问道，"还有...我看到了妈妈...在初号机里..."
电梯突然停止，碇源堂转过身，真嗣第一次如此近距离地看清父亲的脸——岁月刻下的皱纹，镜片后那只完好眼睛里的复杂情绪。
"你终于开始觉醒了。"碇源堂的声音出奇地柔和，"不错，唯的意识确实存在于初号机中。这是她自己的选择。"
"妈妈...选择成为EVA？"真嗣的声音颤抖。
"为了接近神，为了人类的进化。"碇源堂按下电梯按钮，"而你，真嗣，将成为这一切的关键。"
电梯门打开，外面是通往中央教条区的通道。碇源堂大步离开，留下真嗣呆立原地，心中充满更多疑问。
同一时刻，绫波丽站在自己的公寓里——一间NERV提供的、几乎没有任何个人物品的白色房间。她手中拿着一把从碇源堂办公室偷偷取来的钥匙，标签上写着"MARDUK #01"。
她知道这意味着什么。MARDUK是NERV最机密的项目代号，涉及第一代绫波丽的原始实验数据。使用这把钥匙将背叛碇源堂的信任，但她必须知道真相。
"我为什么会想这样做？"绫波轻声自问，手指抚过钥匙冰冷的齿痕。这是她第一次产生如此强烈的自主意愿，违背被设定的程序。
窗外的夕阳将房间染成血色。绫波想起真嗣说"诞生方式不重要"时的坚定眼神，想起明日香得知母亲真相后的痛苦与勇气。这些情感像病毒一样感染了她本应纯净如白纸的意识。
"我想知道...我是谁。"
深夜，绫波潜入NERV最底层的禁区。钥匙打开了标有"绝对机密"的档案室。里面的终端屏幕随着她的操作亮起，显示出一份份令人不安的文件：
【绫波系列原型体：基于莉莉丝细胞与碇唯基因序列的克隆实验】
【第一代：同步率92%，因过度情感发育被废弃】
【第二代：同步率85%，在反抗命令后被处理】
【当前型号：第三代，情感抑制系统完善，稳定性最佳】
绫波的呼吸变得急促。她继续翻阅，找到了一段视频记录。画面中，一个与她一模一样的蓝发少女——第一代绫波，正跪在碇源堂面前。
"为什么？"视频中的绫波流着泪问，"为什么要废弃我？我明明...深爱着您啊..."
碇源堂的背影冷漠如冰："你的感情是程序错误。下一代会更完美。"
视频结束。绫波站在原地，感到一种前所未有的刺痛从胸口蔓延。她意识到那是悲伤——为自己，也为前两代被"处理"的自己。
终端突然自动跳转到一份新文件：【人类补完计划最终阶段：由绫波三号（携带莉莉丝灵魂）与碇真嗣（亚当载体）共同触发第三次冲击】
"不..."绫波后退几步，这个真相太过沉重。她不仅是工具，更是毁灭世界的钥匙。
第二天清晨，真嗣在去学校的路上遇到了绫波丽。她站在河堤上，蓝色长发在晨风中飘动，红色的眼睛比往常更加深邃。
"绫波？你在这里做什么？"真嗣走近问道。
绫波转身看他，突然问了一个奇怪的问题："碇君，如果知道某个选择会伤害很多人，但可能是正确的，你会怎么做？"
真嗣愣住了："这...我不确定。要看具体情况。"
"第二个问题。"绫波继续道，"你相信人类值得被拯救吗？"
"我...我不知道全人类，但我知道有些人值得。"真嗣想起美里、明日香，甚至那个总是冷漠的父亲，"为什么问这些？"
绫波没有回答，而是问出第三个问题："如果必须在服从碇司令和保护世界之间选择，你会选哪个？"
真嗣的心跳加速。这些问题太具体了，不像是哲学思考。"绫波，发生什么事了？你是不是...知道了什么？"
绫波望向远方："昨晚我侵入了机密档案。人类补完计划的真相...以及我的真实身份。"
她平静地讲述了自己的发现，声音没有起伏，但真嗣能感觉到她平静表面下的惊涛骇浪。当听到绫波系列被"处理"的历史时，他忍不住握住了她冰凉的手。
"那些...不是你。"真嗣坚定地说，"现在的绫波丽有自己的选择权。"
"选择..."绫波轻声重复这个词，"碇君，如果我必须背叛司令才能阻止灾难，你会恨我吗？"
真嗣摇头，眼中闪烁着决心："我会帮你。不管父亲在计划什么，如果那会伤害到大家，我们必须阻止。"
他们四目相对，某种无声的约定在此刻达成。远处传来明日香的声音："喂！你们两个在约会吗？要迟到了！"
真嗣和绫波同时转头，看到红发少女站在校门口，不耐烦地跺着脚。晨光中，三个人的影子被拉得很长，交织在一起。
放学后的特别训练中，三台EVA首次尝试了"三位一体"攻击模式。令人惊讶的是，明日香的同步率恢复到了78%，而真嗣和绫波也分别达到了70%和82%。
"太完美了！"美里在指挥室赞叹，"这种配合简直像心灵感应！"
律子博士盯着数据屏幕，眉头紧锁："不寻常...他们的脑波正在自发形成某种共振。这在理论上是不可能的，除非..."
"除非什么？"美里问。
律子摇摇头："没什么。继续训练。"
训练结束后，三人一起走在回家的路上。夕阳将他们的影子拉得很长，明日香走在中间，真嗣和绫波分别在她两侧。
"明天就是期末考了。"明日香伸了个懒腰，"终于可以暂时忘记使徒的事了。"
"明日香复习了吗？"真嗣问。
"当然！这次我一定要超过你这个书呆子！"明日香得意地说，然后看向绫波，"不过第一名肯定是这个人工天才的..."
绫波轻轻摇头："我可以故意答错几题。"
明日香和真嗣同时惊讶地看向她。
"开玩笑的。"绫波补充道，嘴角微微上扬。
明日香爆发出一阵大笑："天啊！冷漠机器人居然会开玩笑了！世界要末日了吗？"
真嗣也笑了，但心中闪过一丝不安。他想起绫波今早说的话，关于人类补完计划和末日的预言。
晚餐是在美里公寓吃的火锅。PenPen也有份，兴奋地围着桌子转圈。明日香和真嗣争论着豆腐该煮多久，绫波安静地观察着他们，偶尔被明日香强行塞一口食物。
"干杯！"美里举起啤酒罐，"为了我们奇怪的大家庭！"
"未成年人不能喝酒！"明日香抗议，但还是用果汁碰了杯。
真嗣看着这一幕，胸口涌起一股暖流。这就是他想保护的东西——平凡的日常，吵闹的餐桌，不完美的家人。无论父亲在计划什么，他都不会让任何人破坏这一切。
夜深人静时，真嗣发现绫波独自站在阳台上，望着远处的NERV总部。
"睡不着？"他走过去问。
绫波点头："我在思考人类存在的意义。如果如SEELE所说，人类是不完整的种族，需要被'补完'，那么我们现在感受到的这些...算什么呢？"
真嗣想了想："我不懂什么大道理。但我觉得，能和大家一起吃火锅，看明日香和美里小姐吵架，听PenPen叫...这些就是意义。"
绫波转头看他，红色的眼睛在月光下显得格外明亮："谢谢你，碇君。"
"为什么谢我？"
"因为你让我看到了另一种可能性。"绫波轻声说，"不是作为工具，而是作为人。"
远处，NERV总部的金字塔形建筑在月光下投下长长的阴影。而在更深的地下，某种巨大的存在正缓缓苏醒，等待着命运时刻的到来。
深夜的NERV总部，律子博士独自站在主控台前，屏幕上的数据流映照着她疲惫的面容。警报突然响起，但不是常规的使徒来袭警报，而是来自中央教条区最深处的特殊频率。
"这个波动..."律子迅速调出监控画面，瞳孔骤然收缩，"不可能...莉莉丝苏醒了？"
画面显示那个被钉在巨型十字架上、戴着白色面具的"莉莉丝"正在蠕动，腹部隆起一个不自然的肿块，仿佛有什么东西要破体而出。
律子立刻拨通了碇源堂的专线："司令，中央教条出现异常。莉莉丝正在...生产。"
电话那头沉默了几秒，随后碇源堂冷静的声音传来："启动三级封锁，我十分钟后到。不要惊动SEELE。"
挂断电话，律子犹豫了一下，又拨通了另一个号码："美里，我需要你来总部一趟。关于你父亲的事...有新发现。"
与此同时，真嗣在睡梦中辗转反侧。他又梦见了初号机暴走时的场景，但这次更加清晰——母亲的声音在耳边低语："真嗣...当第十使徒来临时...不要战斗...倾听它..."
他猛地坐起，全身被冷汗浸透。窗外，一轮血红的月亮悬挂在NERV总部上空，不祥而美丽。
美里走进律子的私人实验室，发现老友正对着一个老式录像设备发呆。
"这么晚叫我来，到底什么事？"美里揉着太阳穴问道，身上还带着淡淡的酒气。
律子没有寒暄，直接按下播放键："这是十五年前第二次冲击的现场记录，你父亲葛城博士最后传输回来的影像。"
屏幕亮起，显示出南极冰原上空的诡异光景——血红色的天空，扭曲的空间，以及...一个巨大的白色人形生物缓缓从虚空中浮现。
"那是..."美里屏住呼吸。
"第一个使徒，亚当。"律子低声解释，"但你父亲发现了一个惊人真相——看这里。"
影像放大，聚焦在亚当胸口的核心处。核心内部隐约可见一个小小的人形轮廓。
"人类？"美里难以置信地问。
"不，是使徒的真实形态。"律子推了推眼镜，"我们一直以为使徒是外星入侵者，但葛城博士的发现表明...它们可能是地球上最早的人类分支，被亚当带离地球后进化成了不同形态。"
影像突然剧烈晃动，葛城博士的声音传来："天啊...我们搞错了...它们不是敌人...它们是想回家...必须阻止源堂...他的计划会..."
画面戛然而止。
美里的双手不自觉地颤抖："我父亲...是被碇源堂害死的？"
律子沉默地点头："第二次冲击不是意外，而是碇源堂和SEELE精心策划的仪式。他们故意触怒亚当，引发爆炸，目的是为了获取神之力量。"
美里眼中燃起冰冷的怒火。十五年来，她一直以为父亲是在科学事故中殉职，却没想到背后藏着如此黑暗的真相。
"为什么现在告诉我这些？"她质问道。
"因为历史即将重演。"律子调出另一组数据，"莉莉丝正在孕育第十使徒，而这次冲击将彻底毁灭现存人类文明，完成所谓的'补完'。"
美里猛地站起身："真嗣和孩子们知道吗？"
"当然不知道。"一个低沉的声音从门口传来。碇源堂站在那里，身后是全副武装的安保人员，"赤木博士，你违反了保密协议。"
次日清晨，真嗣发现美里没有像往常一样准备早餐。桌上只有一张字条："紧急会议，晚上见。照顾好自己。"
"奇怪..."真嗣嘟囔着，转头问正在狼吞虎咽吃麦片的明日香，"你看到绫波了吗？她昨天说今早要一起上学的。"
明日香摇头："那个怪人说不定又去做秘密实验了。别管她，快吃，要迟到了。"
学校里的气氛同样诡异。班主任宣布律子博士请了病假，而平时坐在窗边的绫波丽位置空空如也。
"碇君。"下课时，洞木光悄悄拉住真嗣，"有个奇怪的人让我转交这个给你。"
她塞给真嗣一张纸条，上面只有一行字："午休时来旧校舍音乐教室。——M"
明日香凑过来看了一眼："陷阱吧？肯定是记者想套EVA的情报。"
"但署名是M..."真嗣思索着，"可能是美里小姐？"
午休时分，两人悄悄溜到废弃的旧校舍。推开音乐教室的门，他们惊讶地看到美里站在窗边，脸上带着从未有过的严肃表情。
"美里小姐？为什么这么神秘..."真嗣的话戛然而止，因为他注意到美里额角的淤青和破损的制服。
"没时间解释了。"美里快速说道，"碇源堂囚禁了律子和绫波。NERV正在准备触发第三次冲击，而你们三个是关键。"
"什么？"明日香瞪大眼睛，"这太荒谬了！"
"听好，"美里抓住两人的肩膀，"使徒不是我们的敌人。它们是被亚当从地球带走的远古人类，现在想回归莉莉丝——也就是NERV地下那个被称为'莉莉丝'的巨人。"
真嗣想起昨晚的梦："妈妈也说...不要战斗..."
"你母亲碇唯的意识确实在初号机里。"美里点头，"她可能是唯一能阻止碇源堂的人。但现在，我们必须先救出绫波。"
明日香皱眉："等等，如果使徒不是敌人，那我们这些年战斗是为了什么？"
"为了收集使徒的核心，作为启动补完仪式的能量源。"美里咬牙切齿地说，"我们都被利用了。"
突然，门外传来脚步声。美里迅速将一个小型数据芯片塞给真嗣："这里面有所有证据。现在快走，别被发——"
门被踢开，数名NERV安保人员冲了进来。美里瞬间拔出手枪："跑！"
明日香拉着真嗣冲向后门。在最后一刻，真嗣回头看到美里被电击枪击中，倒下的瞬间对他做了个口型："相信绫波。"
逃出学校后，真嗣和明日香躲在一个废弃仓库里。数据芯片中的内容证实了美里的话——NERV一直在欺骗他们，使徒是寻找归途的迷失者，而人类补完计划实际上是灭绝现有人类的大屠杀。
"那个混蛋...那个该死的混蛋！"明日香一拳砸在墙上，指关节渗出鲜血，"我们算什么？祭品吗？"
真嗣沉默地查看芯片最后一份文件——绫波丽的真实身份："绫波是...莉莉丝灵魂的容器？"
"什么？"明日香凑过来看屏幕，脸色瞬间变得惨白，"所以碇司令培养她，就是为了...献祭？"
真嗣想起绫波问他的三个问题，突然明白了她当时的挣扎。她早就知道自己的命运，却依然选择保护大家。
"我们必须救她出来。"真嗣坚定地说。
"怎么救？"明日香苦笑，"NERV有军队级别的安保，而我们只是两个初中生。"
"不，我们是EVA驾驶员。"真嗣站起身，眼中闪烁着决心，"如果使徒不是敌人，那么真正的敌人是..."
"碇源堂和SEELE。"明日香接上他的话，眼中燃起战意，"但我们怎么进入总部？现在肯定全城通缉我们。"
真嗣从口袋里掏出一张ID卡："美里小姐倒下前...我趁机从她口袋里拿了这个。她的Level-9通行证。"
明日香吹了声口哨："没想到你这个乖宝宝也会偷东西。"
"为了朋友..."真嗣轻声说，"我愿意做任何事。"
就在这时，地面突然剧烈震动。远处传来爆炸声，NERV总部的方向升起一道血红色的光柱。
"不好！"明日香拉起真嗣就跑，"仪式已经开始了！"
他们冲向NERV总部，沿途看到惊慌失措的人群。天空中，一个巨大的黑影正在形成——不是使徒，而是从NERV地下伸出的、由无数扭曲人体组成的"莉莉丝之手"。
总部入口已经陷入混乱。利用美里的ID卡，他们顺利潜入地下通道。越往深处，墙壁上的肉状物质越多，仿佛整个基地正在活过来。
"真恶心..."明日香强忍呕吐的冲动，"这是...人类补完？"
真嗣想起文件中的描述："肉体界限的消融...所有人类灵魂将融合为一个整体..."
他们终于来到中央教条区的巨大空间。眼前的景象让两人僵在原地——
绫波丽悬浮在空中，蓝发变成了纯白，身体与莉莉丝相连；碇源堂站在下方，高举双手；而律子博士被锁在一旁的控制台上，美里则不见踪影。
最令人震惊的是，初号机被数十根巨型锁链禁锢在角落，似乎正在沉睡。
"父亲！"真嗣大喊，"停止这一切！"
碇源堂缓缓转身，独眼中没有惊讶，只有某种诡异的期待："来得正好，真嗣。现在是见证人类新纪元的时候了。"
"放屁的新纪元！"明日香怒吼，"你这是谋杀！放开机器人！"
"丽已经做出了选择。"碇源堂平静地说，"她接受了莉莉丝的灵魂，将成为新人类的母亲。"
悬浮在空中的绫波突然睁开眼睛——那是一双没有瞳孔、散发着白光的眼睛。她的目光落在真嗣身上，嘴唇微动：
"碇...君..."
这个微弱的呼唤给了真嗣希望。他冲向控制台，想要释放初号机，却被突然出现的SEELE士兵拦住。
"愚蠢的孩子。"基尔议长的声音从四面八方响起，"补完是不可阻挡的。所有人类将回归莉莉丝，结束孤独的存在。"
明日香试图冲向绫波，却被无形的力量弹开。整个空间开始扭曲，墙壁上浮现出无数人脸，发出痛苦的哀嚎。
就在绝望之际，一个意想不到的声音响起：
"到此为止了，碇源堂。"
美里从阴影中走出，手持一把奇特的枪械——那是葛城博士在南极使用的实验武器，能够干扰神之力量。
"美里小姐！"真嗣惊呼。
美里没有回头，枪口直指碇源堂："十五年前你杀了我父亲，今天我不会让你再伤害这些孩子。"
碇源堂终于露出了一丝惊讶："葛城...你竟然找到了那个武器。"
"爸爸留给我的不只是仇恨。"美里扣动扳机，"还有希望！"
一道蓝光击中空中的绫波。她发出一声凄厉的尖叫，白光从体内爆发，笼罩了整个空间...
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